暗潮涌动、魑魅魍魉横行的近未来日本。
为了获得与妖魔异族对抗的实力，被称为最强的传奇对魔忍井河阿莎姬担任学园长，建立起培育年轻一代战士的对魔忍学校「五车学园」。
从掌控着“风魔八众”等忍者众之名门出身、以仅由宗家家主世代继承的响亮名号「风魔小太郎」为名的主人公正就读于此。尽管因迟迟无法使用流淌在风魔血脉中的独特力量而屡遭嘲弄，他却一直云淡风轻地过着无拘无束的校园生活。
然而某一刻——日常开始逐渐崩坏。
学园遭受袭击，蠢动的黑影从魔族与人类的边界显露身形，巨大而可怕的阴谋正在黑暗中酝酿。在这危难时刻，主人公以风魔宗家家主的身份被任命为独立游击队总指挥。他将在各方势力间游走，与旅途中邂逅的同伴们携手度过危机，追寻阴谋背后隐藏的真相。


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