战斗吧莉莉！为了守护世界 —武装百合—在羁绊中盛开吧 近未来的地球―― 因一种名为「HUGE」的神秘生物出现 导致人类面临毁灭危机。 全世界为对抗 HUGE，人们结合科学技术和魔力成功开发出决战兵器「CHARM」。又因仅有 10 几岁的少女才能与 CHARM 有高同步率，而能够操纵 CHARM 的女性被称为「莉莉」，因而被人们视为英雄般的存在。 为有效对抗 HUGE， 在世界各地纷纷设立了培养莉莉的机构「花园」，并作为守护人们的据点。 本作品描述着来自多个学园军团，以成为出色的莉莉而战的少女们精彩冒险的故事。