《神隐之子》的故事描述一场起因不明恶意肆虐的灾害过后，故事的舞台穗秋遭受毁灭性的打击。 鬼神、妖怪蛰伏在此悄悄作祟，为调查异变的根源，玩家以「代理人」的身份，来到了鬼怪与人类纠缠不休的诡秘国度。 在此，玩家将游离于现世和常世之间，从零开启未知而晦暗的冒险。