不远的未来，一场几乎毁灭世界的大战使人类丧失航海的能力。在持续开发舰娘技术的过程中，部分舰娘成功觉醒自主意识并且发生了形态上的异变。面对这些不再服从的舰娘，四大财团纠结军力，成立联合组织，旨在彻底消灭所有不受控制的觉醒舰娘。玩家将作为指挥官，与少女们共同谱写宿命与叛逆的物语