《碧蓝航线》的玩法结合了弹幕、塔防等经典元素的优点，根据游戏题材特性加以融合，形成了更加接近现实海战的全新战斗体系。战斗中，除了需要有针对性地编队之外，玩家的闪避操作以及技能的触发时机都将左右战局的走向。如队伍中配置有航母，在危机时刻可以手动发动“空中支援”，像传统弹幕游戏的“雷”一样瞬间清屏并攻击敌方。

在自律战斗系统下己方的前排是自主行动的，并且前排雷击，后排炮击和空袭都是只要冷却结束会自动释放。 自律战斗下己方前排是不会规避弹幕（特别是鱼雷）的